Аресты
Полтава 
Год ареста 1921 
Советская власть не могла простить священнику все то, что произошло в Глинском
при его активном участии. И вскоре, зимой 1921г., отец Иоанн был арестован и
посажен в Полтавскую тюрьму ГубЧК, о чем имеются несколько свидетельств, в том числе
протокол об изъятии части собственности священника, а именно его большой пасеки.
В документе указывается, что поп Лубяный находился в тюрьме ГубЧК как
"фактический контрреволюционер"
По воспоминаниям его детей, отец Иоанн умер в тюрьме, в мучениях и издевательствах.
Как вспоминал один из сыновей —
"отца сгноили в сыром и холодном подвале". Это подтверждает и газета "Работник
Полтавщины", которая спустя даже 8 лет после этих событий написала в заметке, где
упоминался поп Лубяный, в 1929г., что "...сам отец духовный помер в ГПУ, дожидаясь
расстрела". Есть и другое важнейшее свидетельство, подтверждающее выше сказанное.
Имеется сохранившаяся копия объяснительной записки одного из сыновей священника,
Александра, на допросе в Политотделе НКВД в 1946г. На этом допросе Александру
был задан вопрос об уголовном деле, по которому отец Иоанн был осужден и приговорен
к расстрелу. Александр, которому в 1921г. было 9 лет, отвечал так:
    "Мне известно, что отец, как за время своей жизни в Глинске, так и в Полтаве,
   несколько раз подвергался кратковременным арестам и допросам... аресты имели
   место как преследования отца за принадлежность к духовному сословию, а также
   в связи с его имущественным положением и в связи с тем, что его сын был
   офицером царской армии. Я могу уверенно утверждать, что отец умер своей
   смертью, а не был расстрелян".

Александр писал, что хорошо помнит похороны отца, и что они проходили при большом
стечении полтавского духовенства, на территории Полтавского городского кладбища.
    "Мне также хорошо известно место нахождения могилы отца на городском кладбище".
Недавно в архиве Российской Государственной Библиотеки, в ранее закрытом для
свободного доступа фонде рукописей, было найдено еще одно важное свидетельство.
Было обнаружено письмо известного русского писателя Владимира Галактионовича
Короленко, проживавшего последние годы своей жизни в Полтаве, в котором он обращается
к Председателю Полтавской ГубЧК по поводу судьбы священника Ивана Лубяного.
    "Я прошу теперь относительно Ивана Гермогеновича Лубяного, священника, обвиняемого
   в контрреволюции. Дело его закончено и должно, вероятно, на днях поступить в
   "коллегию". Если перечислить все то, что его семья (жена и дети) натерпелись
   за это время, то, я думаю, что этого слишком достаточно, чтобы не прибавлять
   к этим страданиям еще и казни близкого человека. Может быть, Вы найдете не
   лишним прочесть в коллегии это мое письмо. Полтава. 15 февраля 1921г."

Далее в письме имеется приписка Короленко, сделанная позднее:
    "Он теперь очень болен и лежит в больнице, и, по словам сестры милосердия,
   едва ли выживет". (Фонд рукописей РГБ, К.3,Д24,Л.7).
Становится понятным, чьим ходатайством, возможно, было выдано тело отца Иоанна
для церковного погребения