Места заключения
Татарская АССР, с.Рыбная Слобода, КПЗ при РОНКВД 
Год начала 1941 
День начала 29 
Месяц начала 10 
Татарская АССР, г.Чистополь, секретная тюрьма НКВД N 4 
Год окончания 1942 
День окончания 11 
Месяц окончания 3 
В Чистопольской тюрьме архимандрита допрашивали в течение 20-ти с лишним дней.
Дата последнего допроса — 18 ноября 1941г.
Из обвинительного заключения:
    "В процессе расследования было установлено, что Михайлов, как бывший
     священник-архимандрит, враждебно настроен к Советской власти, проводил
     среди населения антисоветскую агитацию, распространял провокационные
     слухи и высказывал пораженческие взгляды. На протяжении ряда лет Михайлов,
     в кругу антисоветски настроенного духовенства, клеветал на Советскую
     власть.
     В конце 1937 года в сельской пожарной сторожке, в присутствии колхозников
     Кузьмина и Сметанина, а также 17 августа 1941г., в сельской кузнице среди
     колхозников Клюева, Гаврилова, Воронина и Яруллина, он клеветал на
     колхозное строительство и советскую печать и распространял антисоветские
     провокационные измышления.
     В августе месяце 1941 года, в присутствии колхозника Герасимова,
     Михайлов распространял провокационные измышления, дискредитирующие
     одного из руководителей Красной Армии.
     В октябре 1941 года в доме колхозника Гаврилова, Михайлов высказывал
     контрреволюционные пораженческие взгляды.
     Допрошенный в качестве обвиняемого Михайлов виновным себя признал,
     а также достаточно изобличается показаниями свидетелей: Воронина,
     Клюева, Яруллина, Иванова, Егорова, Кузьмина, Сметанина, Гаврилова,
     Герасимова, Кузьминой и очными ставками со свидетелями: Гавриловым,
     Кузьминым, Клюевым, Сметаниным.
     На основании изложенного — обвиняется...
     в том, что он, как бывший служитель религиозного культа, враждебно
     настроенный к Советской власти, на протяжении ряда лет вел антисоветскую
     агитацию, клеветал на Советскую власть и печать, распространял
     антисоветские провокационные слухи и высказывал пораженческие взгляды,
     т.е. достаточно изобличается в преступлениях предусмотренных
     ст.58–10 ч.2 УК РСФСР.
     Руководствуясь ст. 208 УПК, следственное дело N 17241 по обвинению
     Михайлова Сергея Ивановича направить на рассмотрение
     Особого Совещания при НКВД СССР.
     Полагал бы: обвиняемого Михайлова Сергея Ивановича подвергнуть
     высшей мере наказания — расстрелу, с конфискацией всего лично ему
     принадлежащего имущества".

Обвинительное заключение составлено 18 марта 1942 года в г.Казани, т.е.
через неделю после смерти архимандрита в тюрьме