Места проживания
Полтава 
Год начала 1941 
Год окончания 1944 
Находился в оккупации в Полтаве, где был возведен в сан игумена.
о.Иоанн восстанавливал женский монастырь под омофором епископа Вениамина (Новицкого),
с которым был очень близок.
При приближении советских войск о.Иоанн вместе с епископом Вениамином и тремя
духовными дочерьми покинули Полтаву, зная, что им неминуемо грозят сталинские
лагеря, и на открытой платформе товарного поезда эвакуировались на Запад.
Немецкий военный поезд шел без остановок в Германию. По мере приближения к
границе о.Иоанн и епископ Вениамин все больше ощущали, что не могут уехать из
России. Когда поезд приближался к г.Почаеву, они оба, не сговариваясь, встали
на колени и стали умолять Бога о том, чтобы им остаться в Почаеве. Это было
удивительное зрелище: полным ходом идет военный состав, а на открытой платформе
молятся на коленях епископ и игумен. Бог услышал их молитву, поезд стал
тормозить. Тогда женщины стали сбрасывать чемоданы на насыпь, затем все
спрыгнули с поезда на ходу, после чего поезд, не останавливаясь, стал набирать
скорость и ушел в Германию. В Почаеве их встретили с великой радостью, т.к.
епископ Вениамин до войны в течении ряда лет был наместником Почаевской лавры
Тернопольская о., Почаевская Лавра 
Год начала 1944 
Некоторое время о.Иоанн жил в Почаевской Лавре. В 1944г. епископ Вениамин
был вызван в Киев и там арестован. Игумен Иоанн поселился на окраине г.Кременца
неподалеку от Почаевской Лавры с подпиской о невыезде