Осуждения
Президиум Коллегии Отдела ЧК по борьбе с контрреволюцией 
03/12/1918 
Приговор высшая мера наказания — расстрел 
Дело Д.Н-21. Т.10. ЦА ФСБ РФ.
Дело Николая Варжанского было передано на рассмотрение следственной комиссии ЧК.
Причиной преследования Николая Варжанского, несомненно, была его десятилетняя
плодотворная миссионерская деятельность.
Обвинение Николая Варжанского строилось на цитатах из газет, выходивших после
Февральской Революции.
На основании враждебных публикаций чекисты так описали мотивы содержания
его в тюрьме:
    "Реакционер чистейшей воды, ведет всегда погромную и черносотенную
     агитацию. Главным ему гнездом явилось Варнавинское общество трезвости".

7 июня 1918г. следователь ЧК допросил Николая Юрьевича.
Отвечая на вопросы следователя, он сообщил:
      "[Являюсь] московским епархиальным миссионером, сектоведом. После окончания
       Академии все время занимался сектоведением и проповедованием православия.
       Выступая с проповедью, я никогда не касался политических вопросов,
       за исключением тех пунктов, которые соприкасаются с церковной жизнью.
       С Восторговым я познакомился еще будучи студентом, когда он был московским
       епархиальным миссионером, интересуясь религиозными вопросами.
       В каких политических партиях в это время состоял Восторгов, меня мало
       интересовало.
       Листовку "Сказание о чудотворном образе святого Угодника Божия святителя
       Николая Чудотворца" редактировал я. Издавая листовку, я преследовал цели
       осведомительного характера и поддержание религиозных чувств в народе".

20 июня 1918г. следователь ЧК Косарев, ведший дело, предложил всех обвиняемых
по делу, связанных с протоиереем Иоанном Восторговым деятельностью
на миссионерском поприще, включая Николая Варжанского, расстрелять.
Почти сразу же после ареста Николая Юрьевича в следственную комиссию стало
обращаться множество людей и организаций с просьбой о его освобождении.
В ЧК обратились ректор и члены Правления Московской Духовной Семинарии,
Союз церковно-приходских общин, объединившихся при московской Преображенской,
что в Преображенском, церкви, Совет объединенных приходов, Совет Варнавинского
Общества Трезвости.
К этим многочисленным просьбам присоединился и Святейший Патриарх Тихон.
2/15 июля 1918г. Святейший Патриарх Тихон обратился в Верховный трибунал и ВЧК
по делу епископа Ефрема (Кузнецова), протоиерея Иоанна Восторгова, священника
Димитрия Корнеева и Николая Варжанского:
      "Тяжелое тюремное заключение, которому они подвергаются уже полтора
       месяца, угрожает им полным расстройством здоровья и едва ли вызывается
       требованиями правосудия, так как своевременная явка их на суд может
       быть обеспечена как их подпискою, так и поручительством надежных людей.
       Несколько тысяч православных людей, близко знающих этих заключенных,
       уже подали прошение об освобождении их из тюрьмы под их личное
       поручительство. Зная преосвященного Ефрема, протоиерея Восторгова и
       священника Корнеева как достойных служителей Церкви Божией и
       Н.Ю.Варжанского как полезного церковного деятеля, я присоединяюсь к
       ходатайству, поданному несколькими тысячами православных,
       об освобождении арестованных под наше личное поручительство в том,
       что подлежащие суду не уклонятся от него и не скроются"

Из публикации в газете "Известия" 28 июля 1918г. (N 159. С.2) известно, что
с ходатайством об освобождении Николая Юрьевича Варжанского обращался
к В.И.Ленину тесть заключенного —  протоиерей Неофит Порфирьевич Любимов
(сам был расстрелян в сентябре 1918г.).
Но все прошения об освобождении невиновного исповедника были отклонены.
23 июля 1918г. Коллегия следственного Отдела ЧК постановила:
     Дело Варжанского прекратить и сдать в архив.
14 августа 1918г. в Верховный Революционный Трибунал обратилась его супруга
Зинаида Неофитовна с просьбой предоставить ей личное свидание с мужем, но ей
в этом было отказано.
8 сентября 1918г. Следственная Комиссия обратилась во ВЦИК
за разрешением "ликвидировать дела внесудебным порядком", и дело из ведения
Революционного Трибунала вернулось в ЧК.
3 декабря 1918г. Президиум коллегии отдела ЧК по борьбе с контрреволюцией
приговорил Николая Варжанского к расстрелу